莲湖区商务局内设2个科（室）。

（一）综合科。负责机关政务工作，督促、检查机关工作制度落实；负责机关会议的组织和决定事项的督办；负责人大代表建议、议案和政协委员提案的办理；负责文电、机要、保密、档案、信访、接待，计划生育工作；负责机关财务、国有资产管理和后勤服务等工作；负责机关党组织建设、党风廉政、宣传、机构编制、干部人事、劳动工资、培训、离退休人员服务管理等工作；负责依法行政工作；负责机关规范性文件、重大经贸协议合法性审核备案；承办行政复议和应诉工作；负责组织实施目标责任考核工作；负责拟订全区商务工作中长期规划；统筹全区商务领域全面深化改革；开展普法教育培训；负责组织企业参加会展等活动，做好综合协调和服务保障工作；负责处理商务领域举报投诉；负责全区对外贸易因公出国(境)商务团组的审查上报和相关监管工作；完成领导交办的其他工作。

（二）商贸科。贯彻落实省、市城市商业网点发展规划；指导推进商业综合体、特色商业街区和商圈建设；负责全区农贸市场网点规划和改造升级；负责全区商贸重点建设项目的协调、推进；依法对旧货流通、汽车(新车、二手车)流通行业进行监督管理；统筹全区商务领域促进消费工作；承担社会消费品零售总额、限上商贸企业培育等考核指标的协调推进工作；负责市场运行分析、统计监测和信息引导；组织实施重要消费品市场调控，建立健全生活必需品市场供应应急管理机制；承担酒类、食盐流通相关管理工作；负责商贸行业安全生产和综合治理、反恐维稳、应急管理等工作；负责流通领域食品安全行业管理及追溯体系建设；拟订流通行业发展规划，推动物流流通标准化；加快连锁经营、商业特许经营、物流配送等现代流通方式发展，推进流通领域现代供应链体系建设；统筹城市社区商业服务体系建设；负责商业预付卡规范管理；推动现代药品流通方式的发展；负责中华老字号与地方老字号的保护与促进；配合开展“放心早餐”布局发展工作；贯彻落实电子商务相关政策措施，支持引导传统商业与电子商务融合发展；负责电子商务公共服务体系建设，做好电商平台引进、本土平台培育；推动电子商务聚集区建设相关工作；负责“互联网+智慧”社区建设，推动网络零售、社区团购等业态发展；加强商务综合挑法，强化市场监管；推动全区商务领域信用体系建设；依法对再生资源、煤炭流通进行行业管理，按照有关规定对成品油流通进行监督管理；负责商务领域治污减霾工作；贯彻落实全市外贸发展规划，组织落实国家、省、市促进外贸增长方式转变的政策措施；贯彻落实全市服务贸易发展规划、服务出口和服务外包工作发展规划、政策并开展相关工作；负责全区技术进出口管理；配合上级部门开展对外劳务合作人员的权益保护等相关工作；统筹推进补齐开放经济短板工作和“一带一路”建设，负责商贸业项目推介和引进工作；负责区贸促会的工作。